玛雅人是一个森林民族，他们积累了一个特殊的文化仓库，包括树木和其他植物，包括食物、木材、燃料、纤维和药物等。因此，很可能几千年来，玛雅人有选择地清除了一些物种，并鼓励其他物种。多年来，人们一直怀疑，即使在被遗弃的地区，玛雅低地热带森林的物种组成部分反映了古代森林管理。对古玛雅遗址的调查被用来记录可能被纳入花园或管理森林的物种。

对从考古发掘中发现的木材和木炭的分析也揭示了古代森林组成的变化。在蒂卡尔，伦茨和哈卡迪发现马尼卡拉扎帕塔，一种单一建筑的树，很可能被精心管理，但甚至变得足够稀缺，被另一种不太理想的物种所取代。

从许多地点回收的木炭表明，松树可能在其自然范围以外的地区被有意砍伐，因为它在仪式环境中更受到青睐。基因分析开始为通过驯化或“野生”管理来管理树种增加一个新的维度。

人为土地利用的变化也对水文问题有持久的影响。森林清除、农业和采石引发了玛雅低地南部的封闭洼地周围的斜坡的侵蚀，由此产生的沉积往往导致曾经湿地的地下水补给堵塞。

沉积、富营养化和气候干燥都可能导致许多多年生湿地和浅湖长期转变为季节性沼泽，在其中形成了深层粘土。然而，尽管许多湿地或湿地的部分被“退化”，但从玛雅的角度来看，其他部分实际上得到了增强。

沿低地的边缘堆积了富含钙的冲积物和冲积沉积物。这些深的、高基层土壤的围裙发展成为南部低地一些最好的农业用地并成为集约化种植的重点。在沿海低地的一些成熟的多年生湿地中，挖掘了运河以促进排水和农业。一千多年后，这些运河系统经常继续影响湿地的水文、生态和土壤成因。  在危地马拉山谷，与前米拉弗洛雷斯湖有关的运河系统可能助长了湖泊的自然干旱和干旱气候。

到公元前1000年，中美洲的大部分地区变成了一个不断变化的森林和田野的拼凑物。描绘这一日益人性化的景观是如何随着时间和空间而变化的，已经成为一项越来越复杂的科学努力。如上所述，对古代森林的调查有了土壤孢粉学、对木材和木炭的宏观植物学分析、对当代森林的调查和对遗传变异的研究。森林覆盖的性质也可以通过对古逻辑调查中恢复的动物群的分析来部分重建。

在玛雅北部低地，从考古背景中恢复的动物的物种组成表明，大多数动物很可能是在当地获得的，尽管地位较高的房屋也消耗了更多的外来物种。总之，这些研究表明，大多数玛雅遗址都被田野和森林的马赛克所包围着，有些是相当成熟的，有些是次生灌木丛。