中途岛战役结束后，海军少将斯普鲁恩斯改任太平洋战区参谋长，成为尼米兹的助手。他喜欢和尼米兹一起散步、游泳、听交响乐。二人住得很近，会一起吃早饭，往返住处和办公室时会同行，即便是在室外放松时，也会一起商讨问题。

欧内斯特·金曾给予斯普鲁恩斯极高的评价，称“在美国海军将级军官中，斯普鲁恩斯的心智能力超过所有的人”。

斯普鲁恩斯起初对尼米兹的认识不足，尤其对尼米兹把他从舰上指挥岗位调到陆地工作很不满意。但是随着与尼米兹越来越多的接触，他的看法完全改变了，他说：“我越了解他，就越佩服他的聪明、开朗，他勇于接受新鲜事物和不同意见，特别是他大无畏的精神和驾驭战争的勇气。他是我认识的少数几个从不知道什么是恐惧的人之一。”

斯普鲁恩斯平日沉默寡言、头脑冷静、遇事谨慎，日后他指挥第5舰队横扫太平洋，其功勋甚至能够超过提携他的哈尔西。

斯普鲁恩斯领导参谋部时，正是太平洋舰队规模迅速扩充的时期。随着新舰船陆续服役，舰队的作战指挥和后勤供应工作明显增加。太平洋独特的地理环境，迫使舰队不得不摆脱对后方基地的依赖，舰队一方面要攻克岛屿，还要持续地向日军纵深前进，其间不必返回后方补充油料和维修。因为只有这样才能保持进攻势头，使日军疲于应付。

1942年12月，海军部通知太平洋舰队，8艘“埃塞克斯”级航空母舰已经建造完成，不久之后将纳入太平洋舰队战斗序列。这种航母标准排水量2.7万吨，最大航速达到33节，可搭载超过100架舰载机。不仅如此，海军部在接下来还会给太平洋舰队提供9艘该级别航母，以及6艘巨型战列舰和相当数量的巡洋舰和驱逐舰。太平洋舰队即将告别舰船和兵力捉襟见肘的困难时期。

根据尼米兹和斯普鲁恩斯的设想，太平洋舰队将集中使用这些舰船，和以前一支特混舰队只有1～2艘航母不同，新组建的特混舰队至少包括12艘航空母舰、8艘战列舰和相应数量的巡洋舰、驱逐舰。

如此庞大的舰队在远离本土几千海里之外进行战斗，要求必须建立一套周密有效的供应体系，保证远洋舰队的食品、燃料和弹药供应，还要在海上建立技术维修力量。所以在一定程度上讲，太平洋战争也是一场后勤战。

美国海军内部对后勤工作的重视程度一直不够。战前尼米兹曾倡导过革新海上加油技术，并被海军采纳。二战开始时，海军苦于缺乏补给船、油船、弹药补给船和其他运输舰，只能临时征用民用船只，并将它们编入海军战斗序列。这些民用船只经过改装，跟随战斗舰队一同行动。

负责太平洋舰队后勤部队的是卡尔霍恩中将。舰队勤务部队由若干流动勤务中队构成，至1943年3月，卡尔霍恩掌管着200余艘勤务船。海上勤务工作可分为两部分，其一是海上加油，一艘可以携带8万桶燃料油、1.8万桶航空汽油和7000桶柴油的大型油船与作战舰队伴行，其余油船会在战区附近以几何图形分布，作战舰艇可以就近与油船会合补充油料。其二是供应大队负责把弹药、食品、用品、邮件、飞机和人员运送到作战舰船上，返程时把重伤员送往医疗船。环焦附近还会设置浮船坞，供应舰、修理舰会为作战舰船提供各种勤务工作。

瓜岛战役期间发生舰艇堵塞努美阿港的混乱场面，海军作战部长欧内斯特·金曾征求陆军意见，希望陆军能够提供后勤方面的有益经验。陆军勤务部队司令萨默维尔中将派出自己的首席计划官卢茨少将前往南太平洋战区调查，首次提出在太平洋地区成立陆海军联合后勤机构的意见。据此萨默维尔又委派利维将军赴珍珠港协调此事，但尼米兹有些抵触，进而引发了军种之间新的矛盾。

利维向上司告了一状，此事还惊动了陆军总长马歇尔。后者借机提出了一个更有挑战性的问题，即太平洋战区应该效仿欧洲战区和西南太平洋战区，将太平洋战区司令部和太平洋舰队司令部彻底分离，由尼米兹担任战区总司令，统领战区全部作战部队，同时直接领导战区供给司令部，统一管理陆军、海军、航空兵的后勤工作。至于太平洋舰队司令应由其他人担任，比如哈尔西，负责指挥海上作战任务。

尼米兹认为成立联合供给司令部的意见可取，但反对把战区和舰队司令部分开，理由是太平洋舰队在战区权重极大，由战区总司令间接领导会影响指挥效率。海军作战部长欧内斯特·金也支持尼米兹的意见，他曾亲口对尼米兹说：“我主张太平洋舰队和太平洋战区统归一个人指挥，这个人就是你。”

1943年9月，太平洋战区成立珍珠港联合参谋部，该机构下设四大处，即计划处、情报处、作战处和后勤处。其中后勤处由陆军的利维将军负责。

瓜岛战役期间，海军又发现了一件头疼的事情——潜艇装备的鱼雷存在重大技术缺陷，发射出去的鱼雷无法引爆。

1943年2月，洛克伍德少将调任太平洋舰队潜艇部队司令。经过他亲自组织的试验，可以证实潜艇部队装备的MK14型鱼雷的引信存在质量问题，哑火率达到惊人的70%。于是他多次向军械局提出改进意见。军械局对洛克伍德的试验数据和检测方法提出质疑，坚称鱼雷质量完全没有问题，反而提醒潜艇部队应提升自身的作战水平。

洛克伍德不甘心，他找到了太平洋舰队射击检察官汤姆·希尔上校，然后向尼米兹做了专门汇报。尼米兹让他们拆掉雷管上的磁爆装置再进行测试，结果问题依旧没有解决。1943年7月，“黑蜡”号潜艇在海上袭击了日军的一艘油船，潜艇指挥官达斯皮特少校在不利的发射角度发射了两枚鱼雷，结果全部引爆。日军油船拥有良好的隔舱措施，所以即便被两枚鱼雷击中也没有沉没，于是达斯皮特把潜艇调正到90度最佳发射角度时，又先后发射9枚鱼雷，在确定全部击中的情况下，鱼雷无一引爆。

达斯皮特留下最后一枚鱼雷返回基地，经过尼米兹批准，洛克伍德再次进行试验，最终锁定鱼雷的技术故障——引发爆炸的撞针因与导轨摩擦力过大，导致撞针扭曲变形失效。

铁证如山军械局不得不承认自己失职，于是性能可靠的鱼雷在战争爆发近两年后装备部队。在之后的一年多时间里，太平洋舰队潜艇部队共击沉1178艘日本商船和214艘战舰，合计吨位达到560万吨，占日军同期损失舰船的55%。他们付出的代价是损失52艘潜艇和牺牲3505名各级官兵。潜艇部队兵力在太平洋舰队总兵力中只占2%，牺牲官兵占同期太平洋舰队兵力损失的40%。

1943年3月15日，海军作战部长欧内斯特·金下令，将海军特混舰队扩充为舰队。在太平洋地区的海军舰队以“奇数”编号（陆军以偶数编号），原南太平洋战区海军部队编为第3舰队，原西南太平洋战区海军部队编为第7舰队，原中太平洋战区海军部队编为第5舰队。在尼米兹的要求下，留守珍珠港地区的几艘战列舰和支援舰则独立编为第50特混舰队。

所有人都清楚尼米兹的用意，他将以此为基础，组建一支历史上最强大的航母舰队。所以人们自然而然地关心起未来将由谁指挥这支可以建立不朽功勋的海上巨无霸。多数海军航空兵将领认为尼米兹一定会从他们中间选择一个人，理由很简单，一支航母舰队的指挥官至少要懂飞行，所以海军历史上第三位飞行员、太平洋舰队航空兵司令约翰·托马斯呼声最高。

尼米兹在考虑特混舰队指挥官人选时，并不局限于专业领域，而是更多的考虑未来战场的需要。太平洋舰队扩充兵力期间，美英参谋长联席会议以及美军陆海军兵种之间正忙于确定接下来的战略规划。在最高级别的决策机构里，太平洋战区的地位有所提升。而以麦克阿瑟为代表的太平洋战区陆军，也没能争取到主攻地位，美军高层更倾向于海军从中太平洋出击，封锁日本本土与南方的交通线，进而枯竭日本本土资源的战略。

在此基础上，尼米兹考虑大幅提升中太平洋地区第5舰队的实力，使其具备日军无法匹敌的海空作战能力、登陆夺岛能力和相应的两栖护航运输能力。很显然掌控这样一支舰队的指挥官，必须头脑冷静、思维缜密、遇事不乱，他的第一人选就是自己的参谋长雷蒙德·斯普鲁恩斯。

4月的一天清晨，尼米兹与斯普鲁恩斯一同从宿舍步行去办公室。他对斯普鲁恩斯说：“舰队的高级指挥官将有一些变动，我很想让你过去，但可惜的是我更需要你留在这里。”

这种谈话的火候并不好掌握，斯普鲁恩斯绝不想放弃机会，但又不能表现出“绝情寡义”。于是他镇静地对尼米兹说：“是啊，战争是件大事，我个人希望再同日本人打一仗，但你需要我留在这里，我也得服从。”

第二天早晨，又是去办公室的路上，尼米兹对斯普鲁恩斯说：“我对这个问题考虑了一夜。雷蒙德，你真走运，我最后还是决定让你去。”4月8日，尼米兹致信欧内斯特·金：“鉴于第50特混舰队已经得到加强，我倾向于任命斯普鲁恩斯担任特混舰队司令，晋升中将军衔。”在这封信中，他还列出了自己心目中可以替代斯普鲁恩斯工作的太平洋战区参谋长的合适人选，第一人选居然是道格拉斯·麦克阿瑟。

被尼米兹选中自然让斯普鲁恩斯喜出望外，更让他意外的是，经过尼米兹和欧内斯特·金协商，决定任命他为整个中太平洋战区最高指挥官。斯普鲁恩斯当仁不让，他还向尼米兹推荐了几位重要指挥官的人选。其中两栖作战舰队司令人选他推荐了自己的好友里奇蒙德·特纳；两栖登陆部队司令的人选他推荐了霍兰德·史密斯；参谋长的位置则推荐了自己的另一位好友查尔斯·穆尔。

特纳此时正担任哈尔西的助手，他与斯普鲁恩斯曾在海军军事学院共事三年，以精力充沛、天资聪慧著称。但是在瓜岛战役期间，特别是1942年8月9日萨沃岛海战中特纳表现不佳，一度被尼米兹和欧内斯特·金厌恶，成为萨沃岛海战后追究责任的重点调查对象。好在之后的调查没有追究特纳的责任，最终结论是海战失利的责任“应由大家分担，将责任推给任何一个指挥官都是不公平的”。

尼米兹认同这个看法，所以当斯普鲁恩斯提名特纳担任第5舰队两栖作战舰队司令时，同意把特纳作为第一人选上报海军部。至于斯普鲁恩斯推荐的霍兰德·史密斯，尼米兹表示要再考虑一下。

霍兰德·史密斯当时已经61岁，比尼米兹还大三岁，负责陆军、海军以及陆战队两栖作战的训练工作，经过他训练的海军陆战队第2、第3师和陆军第7步兵师已经完成整训，开赴太平洋战场。史密斯性格火爆，绰号“疯子”，是一个对行事拖沓极为厌恶的将领。尼米兹对史密斯了解不多，不过即将开始的进攻阿图岛的战斗即将打响，届时史密斯训练的陆军第7步兵师负责登岛作战，这也是尼米兹考察史密斯的好机会。

阿图岛战役于1943年5月11日发起，至5月29日结束，第7步兵师在加拿大军队的配合下，全歼岛上日军2000多人。6月1日，尼米兹赴旧金山，登岛指挥官罗克韦尔和史密斯也从阿留申群岛赶回旧金山，向尼米兹和金汇报阿图岛战役情况。

罗克韦尔谈到了几点阿图岛战役的经验教训：战前情报有误，低估了守岛日军的兵力；参谋部门提供的水文资料不完整；登陆突击部队训练不足；战舰和航母提供的火力支援不准确。

史密斯则对登陆阶段的行动表示满意，但上岸后战斗没有打好，行动太慢，使撤退的日军有时间重新集结，并巩固防线。

尼米兹对二人的发言很感兴趣，阿图岛登陆毕竟是美军在战争期间实施的第三次大规模两栖登陆行动（前两次分别在瓜达尔卡纳尔岛和北非），可以预见将来会有更多登陆战将要实施，还会遇到敌人防御坚固的滩头阵地，所以目前正是积累经验的宝贵时机。

尼米兹没有下决心启用史密斯，但他告诉史密斯自己将赴南太平洋进行视察，后者心领神会，表示愿意一同前往。尼米兹是想借着考察的机会，与史密斯相处几天，进一步考察一下斯普鲁恩斯推荐的人员。

离开旧金山前，尼米兹去了一次美国西北部的西雅图，见到了被“流放”在这里的弗莱彻。弗莱彻向尼米兹大倒苦水，作为一名中将，他在阿图岛战役期间竟要受北太平洋战区司令金凯德少将的节制，认为这是对自己的侮辱。他请求回到舰上工作，哪怕降为少将也能接受。尼米兹安抚了昔日爱将，表示会考虑弗莱彻的请求，但直到战争结束，尼米兹都没有再次启用弗莱彻。

6月7日，尼米兹返回珍珠港，他看到了已经正式入列服役的第一艘“埃塞克斯”级航母。而就在自己赴旧金山期间，欧内斯特·金已经正式任命斯普鲁恩斯晋升中将，担任第5舰队司令。

10日，尼米兹和史密斯动身前往努美阿（南太平洋战区司令部所在地），与哈尔西一起商讨进攻新乔治亚的作战计划。会后尼米兹当着史密斯的面，与哈尔西商量调走特纳担任第5舰队两栖作战部队指挥官的问题。令史密斯失望的是，两位四星上将在讨论第5舰队指挥官时，没有一次提到自己的名字，反倒是听他们反复强调两栖登陆部队要加强训练，显然自己又要回国内当教头了。

返程时尼米兹把满面愁容的史密斯叫到机舱一角，然后对他说：“今年秋天我准备把你调到太平洋来，让你负责指挥中太平洋地区所有海军陆战部队。我相信你对新的工作会很有兴趣的。”